Вагонное депо Молодечно начало строится в 1944 году. Хозяйственным способом была построена концепропиточная, установлены емкости для хранения смазок, открыт автоконтрольный пункт, где был организован ремонт воздухораспределителей. Депо начало выполнять средний и капитальный ремонт грузовых вагонов. Ремонты выполняли под открытым небом, подъемка вагонов производилась реечными и паровозными домкратами, затем вагоны вывешивались на переносных ставлюгах.
 
В 1952 цеха депо Молодечно, где выполнялись годовые текущие ремонты вагонов, были подведены под крышу. В цехе готового ремонта были установлены гидравлические домкраты, а в цехе текущего ремонта — электрические домкраты.
 
В 1954 г. Молодечненские вагонники вселились в новый служебно-бытовой корпус. В 1956 г. в депо хозяйственным способом было возведено здание деревообрабатывающего цеха. Совершенствовалась база ПТО, в парке «А» станции Молодечно был введен в эксплуатацию смазкопровод со смазкораздаточными колонками и системой автоматической подкачки смазки. С 1959 г. в депо Молодечно начали работать две лесосушилки и пилорама, в которых подготавливали пиломатериал и изготавливали пиломатериалы для ремонта крытых вагонов.
 
В 1966—1967 гг. было произведено коренное техническое перевооружение депо. В пристройке к сборочному цеху были внедрены поточно-конвейерные линии по ремонту тележек, буксового узла, горячая мойка, в подсобном цехе было организовано механизированное кровельное отделение. В 1972 г. на автоконтрольном пункте вагонного депо Молодечно был внедрен поточно-конвейерный метод ремонта автотормозных приборов. В 1974 г. построено новое бытовое здание и расширено помещение ПТО, что позволило разместить инструментальный цех и аккумуляторное отделение. В 1981–1982 гг. силами коллектива вагонного депо Молодечно было построено административное здание, где разместились все отделы и красный уголок на 100 мест, на существующих площадях были организованы новые участки по ремонту дизелей, электрического и холодильного оборудования рефрижераторных секций.
 
В 1988 г. Харьковский проектный институт начал проектно-изыскательские работы по реконструкции вагонного депо, которое в 1989 г. было перепрофилировано в Рефрижераторное вагонное депо. В течение 3 лет был сдан в эксплуатацию производственный корпус, где были размещены вагоносборочный цех и мастерские, были также сданы 5-этажное здание бытового корпуса, 2-этажное здание цеха экипировки, складские помещения, гаражи. В цехах было смонтировано большое количество типового и нестандартного оборудования. Депо получило на баланс 268 рефрижераторных секций. Депо стало предприятием, оснащенным современной техникой и механизированным оборудованием, что позволило производить высококачественный ремонт до 400 рефрижераторных секций в год.
 
В настоящее время Рефрижераторное вагонное депо Молодечно высокомеханизированное предприятие, оснащенное современным высокопроизводительным оборудованием.
 
Ремонтная база Рефрижераторного вагонного депо Молодечно позволяет на высоком технологическом уровне производить плановые виды ремонта грузовых вагонов (вагонов-самосвалов (думпкаров), хоппер-вагонов, платформ, крытых вагонов, полувагонов, экипажной части вагонов-цистерн), рефрижераторных секций, вагонов-термосов, переоборудование грузовых вагонов рефрижераторных секций в крытые с утепленным кузовом 918 типа для перевозки пакетированных грузов.
 
За последние годы депо преобразилось и технически переоснастилось:
— на участке по ремонту колесно-роликовых пар произведен косметический ремонт роликового отделения, демонтажного отделения и монтажного отделения, приобретены и введены в  эксплуатацию взамен  морально и физически устаревшего оборудования моечная машина для мойки и сушки роликовых подшипников, автоматизированный комплекс для мойки колесных пар, моечная машина для мойки букс вагонов, что позволило значительно улучшить качество мойки колесных пар, букс вагонов, подшипников роликовых букс;
 
— произведен капитальный ремонт здания  участка по ремонту тормозного оборудования (АКП). На участке установлено новое современное оборудование: стенды для ремонта и испытания магистральных частей воздухораспределителей, стенды для ремонта и испытания главных частей воздухораспределителей, стенды для ремонта и испытания авторегуляторов, стенды для испытания пружин воздухораспределителей грузовых и пассажирских вагонов, стенд для испытания авторежимов, стенд для ремонта и испытания соединительных рукавов вагонов. Применение современного оборудования позволяет производить испытание магистральных и главных частей воздухораспределителей, авторежимов, авторегуляторов в автоматическом режиме;
 
— коренным образом улучшены санитарно-бытовые условия работников: произведена тепловая реабилитация здания бытового корпуса и текущий ремонт санитарно-бытовых помещений, закуплены современные гардеробные шкафы, оборудованы и оснащены необходимым инвентарем комнаты приема пищи;
 
— произведен текущий ремонт фасадов производственных зданий.
 

Выдающиеся люди, работавшие в депо

Слесарь пункта технического обслуживания  Юхневич Петр Григорьевич предложил ввести в сменах должности осмотрщиков-пролазчиков для более тщательной диагностики технического состояния вагонов и начал первым работать в этой должности. Надежный визуальный осмотр, простукивание и ощупывание руками подозрительных деталей — вот методы его работы. За 1977 г. он сумел обнаружить 78 скрытых повреждений автосцепки. В 1978 г. он обнаружил более 800 повреждений. Метод Юхневича Петра Григорьевича был одобрен технико-экономическим Советом железной дороги и широко распространен на всех ПТО, П.Г.Юхневич стал лауреатом Государственной премии БССР, а его метод позволил предотвратить случаи брака и повысить безопасность движения.

Награжденные государственными наградами:

 За долголетнюю и безупречную работу на железнодорожном транспорте удостоены высоких правительственных наград (Орден Ленина, Орден Октябрьской революции, Орден Трудового Красного знамени, Орден «Трудовой славы», Орден «Дружбы народов», Медаль «За трудовую доблесть», Медаль «За трудовые заслуги») ранее работавшие (уже ныне не живущие):  начальник депо Коломиец Иван Михайлович, старший мастер Малько Сергей Николаевич, осмотрщик вагонов Филистович Лидия Ивановна, мастер АКП Бессарабский Николай Прокофьевич, мастер деревообрабатывающего цеха Прохорова Лидия Платоновна, бригадир Мифодьев Иван Минович, старший осмотрщик вагонов Андарало Михаил Алексеевич, инструктор по автотормозам Четвериков Иван Андрианович, старший осмотрщик вагонов Сопач Григорий Григорьевич, осмотрщик вагонов Комар Виктор Павлович.