18 декабря 2003 года Минским вагонным участком был получен сертификат соответствия требованиям СТБ ISO 9001 применительно к услугам, оказываемым пассажирам в фирменном поезде № 2/1 «Беларусь» сообщением Минск — Москва.

В 2003 году предприятие впервые стало лауреатом Премии Правительства Республики Беларусь за достижения в области качества. В 2006, 2011, 2016 и 2019 годах Минский вагонный участок подтверждал это высокое звание.

В настоящее время на предприятии эффективно применяются следующие инструменты стратегического менеджмента:

- система менеджмента качеств к оказанию услуг по перевозке пассажиров в фирменных поездах № 2/1 «Беларусь» сообщением Минск-Москва, 86/85 «Белый Аист» сообщением Минск-Киев, сертифицированная на соответствие требованиям СТБ ISO 9001;

- система менеджмента окружающей среды применительно к автотранспортному  обеспечению деятельности организации, сертифицированная на соответствие требованиям СТБ ISO 14001;

- система менеджмента здоровья и безопасности при профессиональной деятельности применительно к оказанию услуг по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом междугородного и международного сообщения, сертифицированная на соответствие требованиям СТБ  ISO 45001.