18 снежня 2003 года Мінскім вагонным участкам быў атрыманы сертыфікат адпаведнасці патрабаванням СТБ ISO 9001 у дачыненні да паслуг, што аказваюцца пасажырам у фірменным цягніку № 2/1 "Беларусь" напрамкам Мінск-Масква.

У 2003 годзе прадпрыемства ўпершыню стала лаўрэатам Прэміі Ўрада Рэспублікі Беларусь за дасягненнi ў галіне якасці. У 2006, 2011, 2016 i 2019 гадах Мінскі вагонны ўчастак пацвярджаў гэтае высокае званне.

У цяперашні час на прадпрыемстве эфектыўна ўжываюцца наступныя прылады стратэгічнага менеджменту:

- сістэма менеджменту якасці, ў дачыненні да паслуг, якія прадстаўляюцца пасажырам у фірмовых цягніках № 2/1 "Беларусь" напрамкам Мінск-Масква, 86/85 "Белый Аист" напармкам Мінск-Кіеў, сертыфікаваная на адпаведнасць патрабаванням СТБ ISO 9001;

- сістэма кіравання навакольным асяроддзем, сертыфікаваная на адпаведнасць патрабаванням СТБ ISO 14001;

- сістэма кіравання аховай працы, сертыфікаваная на адпаведнасць патрабаванням СТБ 45001.